五十年代初期马寅初就任北京大学校长时，中共曾经高调宣传此事，当年在知识界影响很大。但是，作为一校之长，除了表面应酬风光之外，马寅初的内部工作状况确实比较低调、隐性，外界所知不多。
1953年4月北京市高校党委统战部曾派员到北大访问，马寅初比较倚重的总务长文重反映说：“目前在汤（用彤）副校长的工作上没什么问题，能够有职有权，汤本人也很积极。主要是马校长的问题，马管的事情比较少。现在还是不能很好发挥马的作用，他自己也觉得‘不知怎么办好’。”
文重讲了这么一个事情：有一次马寅初从上海返京，心事重重地进了办公室，对工作人员说：“有什么事你们可得告诉我，（别）像交通部有一校长（指黄逸峰）一样，许多事情下边做了，他还不知道，现在犯了错误，要撤职。”怕因不知情被撤职，有畏怯之情，这对一向认真负责的马寅初来说是一个自然流露，给统战部来人留下很深的印象。（见1953年4月20日市高校党委统战部《各校上层统战工作情况》）
1954年春季，马寅初当选全国人大常委，他以此为由再加上“要搞科学研究”，向高教部提出辞去北大校长一职。经高教部、北大出面挽留，未再坚持。据北大党委观察，在这一时期，马寅初除了参加各种重要会议外，主要精力是用于研究经济方面的资料及展开政治经济学研究。他曾指着自己过去的著作对秘书姜明（党员）说：“这些书都是我解放前写的，解放后一本书也没写过，简直成了政客了。”“听说周总理曾对周培源说，‘你不必做教务长了，可以专门搞科学研究。’我也要搞经济研究工作了。”
“辞职”一词成了马寅初一时言语之重，成了他腾挪、躲闪的工具之一。他很欣赏苏共中央马林科夫在辞职报告中提到的一条辞职原因，就是所谓的“不能胜任职务”，他对人说：“这也是我辞职的理由。”谈到兴致之处，他还会说：“做校长的不能只讲大话，可以让教务长上来做做校长，或者让陈岱孙（北大经济系主任）来做校长，我去做做系主任。这样轮流来做，上下也通气。”（见1955年3月22日《高等学校动态简报》第74期《北大校长马寅初最近的一些思想情况》）
1954年11月17日马寅初突然收到一封匿名信，信中只装有一颗氢气弹，他马上交给党委。校党委分析说，可能系以此恐吓马寅初，令其辞去北大校长职务，或在北大进行破坏。
1956年11月21日，在国家专家局任负责职务之一的民主人士雷洁琼召集会议收集教授对高等教育的意见，事后她整理出一份座谈纪要上报。其中马寅初所提的意见最为显目，他感喟自己有职无权，只是一个“点头校长”，在事先不知情的情况下，上级突然委派新的经济系主任，这让自认与经济系有渊源的他心中大为不快。他个人借重总务长文重，靠他把握一些行政事务。但校党委借机把文重调任化学系副主任，让他有失去左臂右膀的感叹，对此举深为不满。他说：“因为党内事先都商量好了，再问我我也不得不同意。”
有意味的是，马寅初曾写过一篇名为《资本主义工商业改造》的文章，审稿人认为文章的观点有些问题，不合中央的一些条条框框，就没有同意发在北大学报创刊号上。他又接着写《洗冷水澡的经验》，结果照样也没有刊发在学报上。作为校长，马寅初内心里多少有些丢颜面的失落、无奈之感。
在三四十年代，马寅初在经济学界的学术位置是显赫的，连蒋介石都需借用他的影响力而有所忌惮。1949年后马寅初纯粹的学术研究有所停滞，原本通过学识点评时政的做法也大大收敛，他的老一套经济学观点渐渐不被看重，学术威望不由地降到低点，人们只是习惯地看到他不停地在诸多政治问题上应景表态。难怪到了1954年3月，高教部、教育部到北大、清华、师大三校检查非党行政人员的统战工作，对于马校长是否具备学问，北大党委有人竟然会说了这样的话语来表达疑问：“马寅初过去是研究资产阶级经济学的，真才实学究竟如何，目前北大尚摸不清。”（见1954年3月24日《北大、清华、师大三校重点检查统战工作简报》）
到了1958年双反运动时，北大及经济系党组织挑中马寅初为经济界批判重点人物，学术思想批判小组里自称“青年战斗员”的年轻人依靠集体力量，分工阅读马寅初的著作与讲义，准备日后与马面对面进行讨论和批判。结果，青年人阅读之后大大地壮胆，发现原来被人们看作是“庞然大物”的马寅初不过是一个牢固地站在资产阶级立场、“知识少得可怜”的人，便觉得可以鼓起勇气向马及其别的权威教授开起火来。北大党委当年的批判报告中一涉及马寅初，就时常充斥着这种嘲讽、不屑的语气，对学术出身的本校校长的学识如此不敬在北大史上也属罕见。
后来连中共高层人士也在公开场合表达了对马寅初的轻视态度，康生在1958年6月5日在政治理论教育工作会议上就轻易地说道：“马寅初的理论无非就是团团转，还把北大弄得团团转。”他以山东俗话“人手”来反驳马寅初的“人口论”，因为“牛马狗都有口，但没有手，只有人才有手”。他由此推论说：“马寅初只见口，不见手，这根本上就是错误的。”?
1954、1955年只要见到中央部门来人，马寅初都会说：“如果没有江隆基同志，我办不了北大，这是老老实实的话。”康生据此还表扬马寅初，认为马如此肯定江，就是第一个为党说好话的人。江隆基是二十年代加入中共的老资格干部，曾在老解放区长期负责教育工作。1952年10月由中央调派到院系调整后的新北大，出任党委书记兼副校长，他的行政级别与市委一些领导相近。
江隆基一上任，就赶上北大从城内搬往城外燕京大学旧址，燕京原有家当不够用，新建筑又迟迟不能完工，上级又迫切希望在当年12月初开课。在这期间又频繁遇到一系列的突击任务，如俄文速成学习、全校的调查研究、中苏友好月、工资调整、大规模采用苏联教材等，把江隆基弄得疲惫不堪。他在1953年4月15日致市委的报告中写道：“由于北大在院系调整之后差不多等于一个新成立的学校，各方面的准备都很不充分，这就使我们的工作完全处于被动状态……来校之后又因学校行政机构不大健全，大小事情都逼在眼前不能不管，再加我的工作作风有官僚主义，联系群众与深入实际不够，因而形成上学期的忙乱现象。”
1953年初在期末总结工作会上，不少人给江隆基提意见，主要认为江联系群众不够，群众不易接近。副校长汤用彤以较为客气的口吻说：“江副校长有知识分子味。”副教务长侯仁之说：“到校长办公室找汤老，不考虑就进去了，但要找江副校长就要想一想。”江在会上也作了检讨，但事后似乎收效不大。
江隆基手忙脚乱，马寅初却颇为悠闲。江隆基对行政机构不敢倚靠，主要是出于政治上的恐慌和不信任。他认定，新北大的行政机构是以原燕京大学的行政机构为基础建立起来的，而原燕大的行政机构在帝国主义分子的长期麻醉与奴役之下是十分腐朽的，在工作上起的作用不大。而行政领导岗位上多是民主教授和留用人员，政治性和思想性很差。
1954年3月高教部下来调查，听取北大工作汇报。事后高教部形成一个检查报告，内中称：“北京大学在和马寅初、汤用彤等的合作上基本做到尊重其职权，校内一切公事都经过马寅初批阅，大事情都和他商量，做了的工作都向他汇报。在他出国的时候，江校长每月亲笔向他报告工作。”所述的多是某一小段时间的事实，但实际上数年内并不如此所为，这只能视之为官场惯常、应付的书面表达方式。
真正的内情通过一个细节可以窥探到：马寅初不大管（或不能管）教学上的大事，却对校内清洁卫生工的调动、职员的大小事都很关心，一有变化都要人向他报告。有一次北京政法学院工友因个人琐事打了北大一职员，北大写信给政法学院请求解决，马寅初竟花了很多时间亲自修改这封信件。
从目前保存下来的文件看，1953、1954年江隆基写了好几件工作报告，都是直接以自己名义上报，一字不涉马校长，譬如1953年8月27日，他用毛笔写了万言报告致中宣部、高教部、市委，内容涉及学制延长一年、各系增设秘书一人并兼任支部书记、不适教员处理等重要行政事宜，全篇根本没有提及马寅初对这些事的表态如何。1953年10月4日晚，江隆基在临湖轩与各系主任座谈校内工作安排，人员齐整，唯独就缺马寅初一人。
在如何使用党外校长这一点上，清华大学党委书记蒋南翔就比江隆基灵活巧妙。蒋南翔经常会把对校内重大事件的看法事先通告副校长刘仙洲及教务长钱伟长，并尽量让他们出面主持，由他们给各系提出处理意见。这种沟通方式极为有效，刘仙洲的工作热情比冷落的马寅初要高涨许多。
那几年马寅初在北大的境遇可以用“孤寂”来形容。细翻北大五十年代中期档案，可以发现上下重要沟通时往往都愿意绕过他这一关。偶有例外的是因高教部大学教育司一科长不通过北大校方，擅自决定聘请苏联专家与留助教的数目与专业，高教部副部长杨秀峰1953年5月24日为此向北京市高校党委会书记李乐光写信致歉，并许诺将以马叙伦部长名义正式函告马寅初校长。
北大副校长、哲学家汤用彤1954年11月13日晚中风病危，在11月16日市高校党委动态简报中，列举北大党政领导前往医院探视的名单，竟把马寅初归入“向达、郑昕等教授”之列。这可以视为工作人员的一点笔误、失误，但多少也从侧面反映了马寅初的校长位置多年被漠视、冷遇的状态。
1954年5月，北京市高校党委会也认为北大“党的领导核心不健全，党政关系不密切，党委也未主动了解行政意图，配合行政进行工作”。说及原因，是因为北大党委“片面地强调行政方面水平低，小资思想浓厚，对他们指责多，帮助少，缺乏支持”。（见1954年《关于北大召开党代会准备情况的报告》）
高校党委借此批评一些党员校长习惯于个人决定问题，觉得“自己决定出不了大错”、“集体领导麻烦”。结果就是出现这样一个景象：“党委忙得要死，有些负责同志忙得身体也垮了，而非党行政负责人却闲得难受”（市委大学部1961年回顾几年来教育工作总结报告语）。
市里对江隆基的工作方法也是存有一定看法的，但碍于江的老资格身份而有所容忍。在市高校党委工作报告中，对江的内部评论一直不高：“少数同志背着“老资格”的包袱，自以为是。北大江隆基副校长自恃在掌握政策、思想意识、工作方法等方面的修养差不多了，不能虚心接受大家的意见，教学改革进展迟缓了，就产生了消极情绪。”（见1954年高校党委常委会议文件第7号《高等学校党员校院长学习四中全会决议检查思想情况的报告》）江隆基时常抱怨高教部、市委对他支持不够，自嘲自己为“过渡时期的校长”。这让市委颇有些恼火，双方矛盾持续甚久。而马寅初夹在其间，上下不得参与过问，小心观察两边的形势，不敢随意表态，只能高挂悠闲无事的姿态。?
三马寅初在敏感政治问题上的表态是极为慎重的，轻易不会在公开场合随便说话。但有些私下谈话还是被记录在案，譬如1954年谈及批判胡风运动，说“胡风倒霉了”，“胡风可能是对某些党员干部有意见”。由此引伸道：“共产党是行的，但是党这么大，党员也不可能都一样，我也听说过，有的党员就是背着党的名，神气活现。”
1954年4月市委高校党委组织各校非党教授座谈高饶问题，对会议评价为“一般教授发言慎重，不敢暴露，有不少混乱思想”。北大哲学系主任郑昕说：“过去是战争环境，很多负责同志没学到多少马列主义。” 北大教授周炳琳问：“既然早知道高、饶有错误，为什么还要重用他们？”马寅初没有这么大胆，他只是跟在金岳霖发言后面补充几句，金说：“高的问题很严重，饶的问题没听出什么事。”马寅初马上跟着说道：“饶的罪恶轻，能认识错误，所以还称他为‘同志’。” （见市高校党委《各校非党教授对高饶问题的反映》）他明白，在小枝节上绕着说，一般不会犯大错误。
马寅初所处的政治环境开始变得愈加恶劣，思想斗争火药味逐渐浓郁。1954年5月23日北大召开第一次党代会，与会者对上一届学校党委提出严肃的批评，措辞严厉，与会者集中谈到这几点：“资产阶级思想在党内外大量存在，未受到有力的批判”、“我们阶级觉悟不高，对阶级斗争的规律缺乏深刻的体会，因而对于在各样教学工作中和日常学习生活中所反映的许多资产阶级思想则缺乏分析，降低了应有的政治警惕性，也就很少提出对策。”党代会通过的总结报告中明确表示：“（北大）长期安于被资产阶级思想紧紧包围的环境中，敌情观念与政治嗅觉很不敏锐。”此后，马寅初所受的冷对待与此政治行情的看涨紧密相关。
1956年蹦紧的斗争之弦稍有松懈，马寅初一有机会还会为北大利益呼吁、争取。市委召开高等学校院长座谈会，马寅初在会上言辞激烈，严厉批评中国科学院到高校挖人的举动，认为这是不管高校的死活。他说：“过去吴有训为科学院拉人，就把浙江大学这所综合大学拆垮了。现在又不断到北大来拨尖，甚至一般教师也要拉。北大与科学院的关系不是双方批评一下就能解决的问题了，需要中央来处理，才能公平解决。”
马寅初还大胆地提出一个教学问题：“学生政治课用的是苏联的本子，讲的是苏联的事，不结合中国的实际，不能真正提高学生的思想觉悟。匈牙利事件反映出学生思想很多基本问题都不清楚。” （见1956年《市委召开的高等学校院长座谈会上提出的意见》）这是一个真实存在的教学问题，可以看出马寅初的敏锐和直率，但在场的中共领导人士碍于国际形势对此没有做出明确反应。
1957年4月6日，中宣部长陆定一在杭州做报告，数年来第一次在公众场合表扬马寅初：“你们浙江，有马寅初、邵力子二位先生，他们主张节制生育。提出这个东西很好。现在江苏、浙江每平方公里有288人，比世界上人口最密的比利时高得多，它是170多人。所以江浙这地方提出这个问题完全可以理解，有道理。”但是这种有限的“赞同”“欣赏”只能是昙花一现，转眼到了1958年2月中央宣传会议确定进行社会科学理论批判，党内高层已经悄声把马寅初列入批判的预设目标。1958年3月28日中央政治局听取北大、复旦、科学院工作汇报，就有中央领导强调：“两条道路斗争问题不解决，知识分子不会向党靠拢。”北京市委由此开始布置相关“烧教授”的计划，提出要“猛火攻，慢火燉”。
据统计，在1958年下半年，北大文科各系对资产阶级学术思想进行了一次集中的批判，受到批判的教授有17人，其中最为醒目的就是校长马寅初。到了1960年3月陆定一在文教书记会议上高调宣布，学术思想斗争要追到西方老祖宗，具体地提出国内的巴人、李何林、尚铖、雷海宗、马寅初等人为批判对象，立即组织所有文科院校发动群众进行批判。5月初中宣部提出具体细则，其中有一条为“在经济学方面进一步深入批判马寅初和马尔萨斯、新马尔萨斯学派”。
与1958年相比，1960年北京市已深受副食品、粮油匮乏之困，底气不足，人心惶恐，市委已无精力去掀动新一轮批判热潮。对于中宣部的斗争布署，市委及市委大学部明里支持，暗地里却划定很多限制的圈圈，比如说“批判的对象只限于中央提出的几个人，不要再从学校中另找靶子”。结果北大草草地发了几篇批马寅初的文章交差，上报时称“在党委的直接领导下批判了马寅初的反党反社会主义言行”。过了一段，悄悄地连马寅初的大名都不见了。这种“雷声大雨点小”的做法实属特殊时期的无奈之举，致使马寅初侥幸地躲过一场原定到来的斗争风暴。此时马寅初被免去校长一职，很快成为知识界一只销声匿迹又臭名昭著的“死硬老虎”。
不同的人在做不同记挂的事。1961年8月市委大学部在甄别时承认，那场大批判重点对象过多，批判中有简单化的缺点，说服力不强，对一些需要展开讨论的学术问题也轻率地下了结论，甚至有压服的情况。而在参观一次高校展览时，看到没有思想批判运动的展板内容，中宣部于光远等一些中层干部忍不住建议多设立一块黑板，可以在标题不点马寅初等名字，但关于这方面内容一定要表现出来。
他们担心地说：“否则会使人误会，去年大搞学术批判是否搞错了？”
辨别是否错误，整整经过二十多年了才有最终的结果。其时马寅初已是近百岁老人，荣辱早已不惊。?
四1958年北大组织数千名师生到十三陵水库参加劳动，马寅初与新到任的党委书记、副校长陆平一起去看望教师学生。学生们见到上岁数的马寅初亲自来到沙尘飞扬的工地慰问，颇有些感动。一些学生忍不住喊道：“向马老学习，做马老好学生。”在一旁作陪的北大干部秦德远见了颇为不满，后来向市里汇报说，学生对旧专家老教授迷信，根本不提我们的党委书记陆平同志。（见1958年5月21日《高校党委宣传工作会议大会记录》）
由此细节我们可以看到一般党务干部对领导人物的厚薄态度，对党的领导干部的尊崇是相当自然的，认为学校工作非党的领导不可。我们可以退一步设想，假如马寅初握有校长的实际权力，他能搞好北大的全面工作吗？答案是超乎其难，时代已经根本不赋予了他天时地利的条件，他无法具备驾驭超速失控、不按常规行驶的列车的能力。反过来说，马寅初不掌实权应属他个人的幸事。
譬如，北大在反右派斗争以后，共批判教授、副教授49人，在双反运动中批判23人，在1958年学术批判运动中批判18人，1959年底至1960年初的教学检查和编书工作中批判16人。这些俗称大批判的“脏活”，事无巨细，都是要反复承受人心的巨大折磨，表现教条般的死硬态度，不能有一丝温情和犹豫，才能冷漠对待昔日的同事，从容布置斗争方案。马寅初下不了手，他后半生中只有被人批判被宰割的痛苦经验。
北大1958年号称完成二千多项研究项目，一年成绩就远远超过院系调整以来六年的总和。但事后一细察，发现科研水平大多估计偏高，所谓达到国际水平的项目存在虚假水分，不少科研产品无法使用。校方检讨说，由于缺乏经验、资金，突击性大，工作比较粗糙。这种头脑发热的学术虚夸，对于北大是个抹不掉的“污点”，马寅初作为一校之长，其中的内心受损、颜面屈辱是较为强烈的，可是他又需担什么责任呢？
1959年11月教育部开始布置教师提升和确定教师职务的工作，这是一次完全依据政治运动的成败来论的职称评定。规定中明确表示：“政治态度划为中右的，或虽划为中中，但表现一般或倾向落后的教师，一般地不考虑提升职务。”而大量缺乏文化水准、从党政机关调来任教的教职员工，就因为经过革命运动的锻炼，有直接丰富的经验和解决实际问题的能力，有培养前途，就被党组织授予较高的职称。对这样非学术性的职称评定，马寅初绝对不能认同，估计他去签字心里都会发虚。
1959年3月起，受市场紧张的波及，北大的食堂大锅使用情况告急。北大原有二十口大锅，但三分之二是坏的，都是补了不少补钉，其中有七至八口随时都有掉底的危险，几千人吃饭就会受到严重影响。9月份开学后学生、教职员工又得增加五千人，计划再开辟两个食堂，需新添八口大锅。陆平原任铁道部副部长，他为此事回铁道部奔跑多次，央求旧部属为北大救急。他又跑到市委找常务副市长万里帮忙，恳请在工业系统内部突击解决。但是就是这么一大圈的折腾，最终陆平只是无奈地借到一口小锅。为了几口炒菜锅，人脉资源如此丰富的陆平尚且这样，书生气十足、不识中共内部运作的马寅初更会一筹莫展了，可能最多找一找相识的陈云帮忙。大锅尚未解决，学生又反映由于灯泡不能及时得到补充，八个学生住一间的宿舍，不少已由两盏灯减为一盏灯。学生对此发了很多牢骚，陆平他们又得开始新的一圈恳求。
1959年4月大米供应紧缺，市面上出现波动。各高校党委遵从上级指示，开始紧急布置相应工作安排，譬如要求全体党员不许抢购大米，在家中自觉地少吃大米，及时了解群众反映，并在此问题上保守国家机密。这样的活动工作量大，机密性强，掌握分寸很重要，说话口径也颇有难度。这样的事情让经济学家马寅初去操作，一定是嗫嚅不止，万般苦恼。
这就是马寅初当年所面对的历史特定情景，他上不了火热的前台，只能萎缩在历史暗处安顿自己不安的心境。后来的人们只熟悉他在学术领域的那份坚韧和骨气，他在北大苦涩的旧事所蕴含的困顿和难堪同样值得我们去记取。?