北京大学校友会的历史最早可以追溯到1919年，也就是在京师大学堂成立21年，京师大学堂改称北京大学后7年，以万兆芷（zhi）为会长的“北京大学留美同学会”在纽约成立，“以增进同学友谊，交换专门知识”为宗旨。这是北大的第一个校友组织，是北大校友会发展史的源头。上世纪20年代，北大校友组织是从国外，从美国、从欧洲延伸到国内的上海、北京、南京等地，此时期的北大校友活动相当活跃，但是处在自发零散的状态，组织不健全，规模不大且力量分散，对校友的服务能力也有限。建国以后到改革开放前后的30多年中，校友会在很长一段时间内处于沉寂之中。

1984年5月4日，乘着时代的春风，北京大学校友会作为正式的全国性的独立社团组织，终于在众多校友的酝酿呼吁之下成立了。1992年北京大学校友会正式在民政部注册，成为独立社团法人。1999年百年校庆之后，校友会成立了常设的秘书机构，在北京大学教育基金会下设校友工作部。跨入新世纪，学校把校友工作摆在更加突出的位置，充分利用母校资源，不断加强与广大校友的联系，竭诚为校友事业发展提供更多、更大的支持。

2010年10月，在第七届理事会的大力推动下，学校审时度势，组建了独立的校友工作办公室，与北京大学校友会秘书处合署办公，既是北京大学正处级职能部门，又是独立社团法人的秘书机构，为北京大学校友会在新时期的快速发展注入了全新的活力，北京大学校友工作打开了全新的局面。

目前，北京大学校友会正携手全球各地各界30万“北大人”和百余个校友组织，在践行“服务校友、服务母校、服务社会”的征途上阔步前行。