自清光绪二十二（1894）年春被授翰林院编修起，到民国二十九（1940）年春在中央研究院院长任上辞世，蔡元培的身影一直穿梭于晚清和民国的政界、学界：“戊戌维新”之后辞官回乡，创办绍兴中西学堂、上海爱国女校；之后远走德国学习；辛亥武昌首义之后，又匆匆返国，出任民国的首任教育总长；不久便辞袁世凯政府的“伴食”阁员，再回莱比锡大学从事研究；袁世凯倒台之后复又归国参与“二次革命”，二次革命失败后又赴法国，三年之后再次回国整顿北京大学……每当革命遇阻，国内政治无望时，蔡元培就主动退出波谲云诡的政治舞台，转入寂寞求真的学术研究；而当革命稍有进展之时，他又自觉愿中断孜孜以求的学业，从事耗费事功的政治或“半政治”的教育事业。政治和学术构成了蔡元培人生的两翼，而政治家和学者或教育家则构成了蔡元培身份的两面。身为学者，蔡元培主张“学”与“术”的结合，将文化教育与民族未来的政治命运置于密切的关联当中；身为政治家或教育家，蔡元培又不时主张一种超离现实政治或一种非政治的观点。那么，如何理解学者蔡元培的政治观念和革命活动，如何理解政治家蔡元培的学术和文化思想？学术与政治在蔡元培那里是否有着某种同一性？
托命于政治
书生出身的蔡元培以营造言论的方式参与了清末革命。1901年11月，他与张元济创办《外交报》（初名《开先》），在该报“叙例”中，蔡元培写道： “一国之人，托生命于其国之政治。政治者，以实事为究竟也。然而有思想而后有言论，有言论而后有实事，是故以思想为言论、实事之根源。”在他看来，政治、言论与实事处于一个循环当中。其办《外交报》的宗旨在于“以定言论之界，而树思想之的，为理论家邮传，而为实际家前驱。”蔡元培对清政府的失望始于“戊戌维新”后的混乱政局。在1900年春写就的《上皇帝书》中，他视国家为“公司”，皇帝为“总办”，民众为“股主”，并对光绪皇帝表达了内心的三重困惑：其一，贤明的皇帝为什么要借慈禧太后之手屠杀维新之士？其二，杀死六君子的慈禧为什么不偿命？其三，选立皇嗣，为什么不问其贤明与否？缘此，光绪皇帝已经失去了做国民“托命”之人的资格。在蔡元培看来，皇帝作为国家的主权者，本应是国民的生命寄托之所，其所拥有的主权是由民众赋予的，两者间是所谓“股主”与“总办”的关系。然而，当主权者开始屠杀民众之时，他就不再是民众所敬所爱之人，这样，民众的生命就失去了可以寄托的地方。
蔡元培先生照片
一旦国民的主权想象失去了国君作为对象，那么君主和政府也就失去了存在的意义。这应是蔡元培接纳19世纪与20世纪之交欧洲虚无主义思想的“实事”起因。1902年暑期，在护送因支持留日学生学习军事而遭日本警驱逐的吴稚晖回国的旅途中，以及后来与其在南洋公学、中国教育会和爱国学社共事的岁月，蔡元培无疑深受吴稚晖无政府主义思想的浸染。吴稚晖先后在1901年和1902年两次留学日本，而那时正值欧洲无政府主义思想在日本广泛传播的时期。蔡元培在1918年也曾经谈论过德国哲学家施蒂纳（Max Stirner），后者对“国家”、“法律”、“婚姻”和“财产”制度和一切“神圣”价值的批判，及其“在我之上的东西不撄我心”（Mir geht nichts ueber mich）的“利己论”思想被奉为无政府主义的思想之父。1903年初，蔡元培又与章太炎、吴稚晖共同创办“爱国学社”，并组织义勇队即后来的“军国民教育会”，而另一位热心无政府主义事业的学者刘师培也在此时加入了这个组织。著名的上海张园实际上成了无政府主义者集会发声的场所。1903年春，广西巡抚王之春以全省矿路之权为交换条件借法国军队镇压哥老会起义，由此引发了当地的拒法运动。翌年冬天，值王之春来沪联俄之际，刘师培等人策划了万福华的刺杀行动。4月25日，蔡元培在张园演说，主张成立“保国会”，声援拒俄运动。日俄战争爆发前夕，蔡元培还与王小徐、蒋维乔等人成立“对俄同志会”，创办了《俄事警闻》杂志，“表面借俄事为名……而以翻译俄国虚无党（即无政府主义）事实为主要部分”。
在这一时期，蔡元培主持的“爱国女校”实际是一家按照无政府主义信念培养革命人才的教育机构。“自三十六岁之后，我已决意参加革命工作，觉得革命止有两途：一是暴动，一是暗杀……又以暗杀于女子更为相宜，于爱国女学，预备下暗杀的种子，”后来他这样回忆道（《我在教育界的经验》）。1904年秋，蔡元培又促成了陶成章和徐锡麟两派革命党人的合作，光复会得以成立。接着在1905年，他经日本归国的杨笃生、何海樵等人的介绍又加入了同盟会和暗杀团，并秘密组织研究和制造供暗杀之用的炸药。1905年9月24日，同盟会暗杀团的一个成员吴樾，正是使用了杨笃生制作的炸弹在北京正阳门火车站吓退了出洋考察欧美宪政的五大臣。
蔡元培上述无政府主义思想和革命行为直到1907年5月赴德留学时才发生了一些改变。1909年8月，在德国莱比锡大学学习的蔡元培在写给其无政府主义盟友吴稚晖的信中，隐约表达了他已经不喜从前过于激烈的政治言论，转而倾向于平和与公正之学理的意思。其实，按照蔡元培谦和公允的性情，其与无政府主义的激烈言论和行动本应拥有距离。早在1903年的《释仇满》一文中，他就反对邹容《革命军》中所谓“杀尽满人”之论，并试图把汉族对满族的激烈复仇思想解释为一种合理的政治斗争策略。而此时，蔡元培又赋予其上述思想的转变以一种伦理学的学理解释。在上文提及的书信中，蔡元培坦言从前“钦慕”于俄国无政府主义的事业，“赞成”目的使手段神圣的说法，并认为德国之所以未有暗杀现象发生乃缘于其奴隶性，又说“德国哲学家则于此等事绝对的反对，而主张堂堂正正之革命。”
这里言及的德国哲学家正是泡尔生（Friedrich Paulsen，1946-1908）。须知上引致吴稚晖的书信正写于蔡元培从日文翻译泡尔生《伦理学原理》之时，他对自己的政治思想的转变所做的解释依据的学理正来自于本书。《伦理学原理》（Grundbegriffe und Prinzipienfragen，《基本概念与原则问题》）取自泡氏《伦理学体系及国家与社会学说大纲》（System der Ethik mit einem Umriss der Staats-und Gesellschaftslehre, 1896）一书的第二编。在名为“der zweck heiligt die mittel”（“目的使手段神圣”）的一小节中，泡尔生批判了当时在欧洲被普遍认为是耶稣修会所奉行的一条伦理原则：为了维护教皇的权威，为了传播基督教的理念，耶稣会士们会不择任何手段，无论这些手段如何残酷，它们均因其崇高的目的而具有了神圣的价值。然而，泡尔生则以为，评判单个行为的标准应当是客观的事实本身，而不是某个人或某个共同体的意见。我们应依据其与“最后的和最高的善”之间的关系来衡量单个行为的价值。那么，什么是这个最高的善呢？泡尔生从生命的角度对其进行了正面的界定：人作为一个生命，其生命意志的目标在于“过一种精神的、历史的生活，其中为人类的、精神的力量和能力的壮大留下了空间”（上引书，S.247）。也就是说，在泡尔生看来，生命的目标在于完善个人、民族乃至全人类的精神本质。因此，评价单个行为的标准在于看它是否能够促进“人类的福祉和完善的生命形态”（上引书，213）。出于认为一个人有害于一个民族，或者出于认为他是民族的败类、是国家的反抗者，或者是国家的暴君就谋杀掉他，这种行为应当受到谴责。泡尔生以人们在拿破仑侵略欧洲时想要暗杀他为例说，“这事最好不要发生，欧洲人最好通过一种公开的，令人崇敬的方式争取自身的自由”（上引书，S.215）。原因在于，刺杀拿破仑的行为不但会引发民族间的仇恨，而且还会使日后的道德评判出现混乱，最终也不利于受压迫的德意志民族意识的觉醒。
通过对泡尔生伦理学著作的翻译，蔡元培拓宽了对生命的理解：生命不局限于个体，也不局限在现世，而“世界中一切事业，亦竟不能以寿命极短之人类猝定其价值”。这样一来，生命就不再被寄托于当下的现实政治，而被抛向作为全人类生命形态演进过程的文明史当中。
文明演进的动力
经过一段时间的德语学习，蔡元培于1908年10月进入莱比锡大学学习。在这所大学里，蔡元培先后选听了冯特（Wilhelm Wundt，1032-1920）、里希特（Raoul Richter,1871-1912）、福凯特（Johannes Volkelt,1848-1930）、兰普来西（Karl Lamprecht，1886-1915）等人讲述的哲学、实验心理学和文明史课程。这个时期正值冯特的实验心理学影响最著之时，其心理学理论被分别用于解释艺术、语言、神话、风俗和美学方面，影响所及，以至哲学、美学、历史学都纷纷采用了心理学的研究方法。例如，出自冯特的实验心理学研究所的摩曼（Ernst Meumann，1862-1915）就把实验心理学方法应用到了教育学和美学方面。蔡元培还在此人的影响之下积极从事过短期的美学实验。在上述这些学者当中，对蔡元培影响最大的莫过于兰普来西。蔡元培的侄曾孙蔡建国教授提供的一份蔡氏在该大学的选课单显示，从1909年至1911年，蔡元培集中选修了兰普来西的9门课程，其中既有德国近现代文明史，又有史学方法和历史艺术观。1912年冬，蔡元培在辞去唐绍仪内阁教育总长之后，又利用教育部的官资亲赴兰氏主持的文明史与世界史研究所进行研究工作。
兰普来西的史学方法在当时的德国史学界独树一帜。与占据德国史学主流的兰克学派注重从个人动机出发来研究政治史的方法不同，以研究经济史为开端的兰普来西则更注重于历史发展当中的物质因素和群体心理因素，这方面显然出自于冯特民族心理学观念的影响。前者被称为政治-个人历史，而兰普来西的史学则被称为是文化史（Kulturgeschichte），在兰普来西的著作中，两种史学方法分别被称为旧史学和新史学。他的文化史观念后来引起了新兰克派史学家贝娄（Georg von Below）、拉赫法尔（Felix Rachfahl）及其它史学家如梅内克（Friedrich Meinecke）、韦伯（Max Weber）等人的反对，他们纷纷对兰普来西著作中混乱的征引方式提出了批评。
兰普来西的史学观念集中体现在其自1891年就开始撰写直到去世时还未写完的多卷本《德国史》中，而其史学方法则集中体现在他为回应对立派的批评而撰写的多种讲演稿当中。依据德意志民族意识的不同发展阶段，兰普来西将德国的历史相应地划分为六个时期，即符号、典型（蔡译作雏型）、沿习、个性和主观时期，上述六个时期分别又对应着六种不同的经济模式，兰普来西试图在上述文化时期的更迭中寻求某种有规律性的东西，也就是说，他试图以德意志民族的文化史为范型来解释人类文明史和世界历史发展的深层原因。
在兰普来西看来，史学问题不在于像兰克学派那样描述事实，而是遵循历史事实之间的因果关联（kausalverknuepfung）来解释它们。兰克史学试图通过建立在个人动机或目的（zweck）概念之上的假设将个别的、突出的事实联结起来，而兰普来西的方法则主张通过从因果关系出发的假设把属于特定生活状态中的行为和行为集合以生成的角度加以解释（Alte und neue Richtungen in der Geschichtewissenschaft,S.6）。基于此，兰普来西把这种史观称之为进化的史学考量（die entwickelnde Geschichtsbetrachtung）。在反击拉赫法尔的指责时，兰普来西认为，新旧史学方法均建立在历史学家对事实之间关系的想象之上，二者均是人们的幻想（Phantasie）在工作，因此，两种历史研究方法与传说的创作并没有原则上的区别，只不过传说的创作是想象力自由的驰骋，而在史学研究中，想象则要受到服务于理解的一套体系、规则和原因的限制（上引书，S.14）。
不仅史家的研究是幻想的一种工作方式，而且文明史的演进亦基于人类的幻想能力，准确地来说，是基于人类心理或社会心理力量的不断增强。1900年代，在美国圣路易斯的一次讲演中，兰普来西断言：“现代历史科学首先是社会心理科学”，“新旧史学方向的斗争首先关乎社会心理因素在其与个人心理之间的关系当中于历史上所获得的意义。”（Moderne Geschichtswissenschaft，S.1）。观察人类文明演进之历史的方式，拥有一个更高的目标，这个目标是达成一种普遍的历史（universalgeschichte），兰普来西说，“任何一种对人类种种业绩所进行的文化史把握方式均是普遍历史性的”（上引书，S.104）。其中，每个民族的文化相对这个普遍历史的体系拥有其意义，而 “一个民族的历史无需从经济、社会或构成的历史环节，而只能按照最高的精神功能来估价，否则，某一单个的人类共同体就无从显示其普遍历史的意义”（上引书，S.119）。兰普来西认为，最高的精神功能表现为纯粹的幻想能力：如诗歌、艺术，特别是造型艺术。而幻想作为心灵的功能，是一种将现实的因素联结在一起的创造活动，其结果会促成一种新的文化特征，从而推动着文明的进化历程。因此，对于文化史研究来说，艺术远比以文字记录的历史材料更有价值。也就是说，我们要从进化历史的角度对人种学的材料进行历史的分析，即把“人种学加以历史化”，从而达成一种“科学的世界历史”，在这位倡导文化史观念的史学家看来，后者才是一切历史科学的最终目标。
在《自写年谱》中，蔡元培记述了兰普来西的文化史学观念。兰普来西对艺术史的重视直接影响了其对美育的提倡。艺术对情感和想象力的培育，使人类超越了现实生活当中人与人之间的利害关系，而想象力作为人类最高的心灵和精神功能，是文明演进的动力所在。与政治活动相比，超越政治之上的艺术更为重要。兰普来西批评兰克学派的史学研究目标局限于实现德意志民族的“小小（政治）理想”，梅内克则期望史学研究对当下的有所贡献，相反，兰普来西则主张教育培养一种“世界人”（homme du monde），一种有教养之人。1912年2月，刚刚归国的蔡元培就提出了所谓“五育”的教育方针，与军国民教育、实利和德育之外，又加上了世界观和美育两种“超轶政治之教育”。
学理与政治的双重失败
从1912年夏辞去唐绍仪内阁的教育总长二次赴莱比锡大学这个时期，蔡元培的非政治观点时时有所显露。他接纳了康德的现象与本体二分的说法，但认为现象界与本体界绝非判然相隔的两个世界，二者之间以“美感”为“津梁”。在此，应当指出，在康德的批判哲学体系当中，审美判断是介于人的理解能力（悟性）与理性能力之间的桥梁，是由感性领域向超感性领域的过渡（参看《判断力批判》的前言）。总之，审美活动最终通向康德所说的人类精神生活之最终目标（Endzweck），即理性本身。而蔡元培则把这个最终目标（最后之大鹄），按照叔本华和泡尔生的理解，看成是“世界之大我”，即作为本体的生命意志或生命形态的达成，而美育的最终目标也在此。因此，在蔡元培看来，美育是超越以现实利益为目标的政治的良好通道。
基于建立在非政治原则之上的教育观念，蔡元培以一种非常理想化的方式试图把北京大学改造成一个专门“研究高深学问”之所，而非培养以从事现实政治之官僚的机关。早在1916年冬，蔡元培就在《为自费游学德国请学部给予咨文呈》中表达了他对德国大学学制的向往，文中出现的“德国海尔伯脱派”，想必指的就是威廉·冯·洪堡特（Wilhelm von Humboldt，1767-1835）。我们知道，洪堡特是应建设德意志民族道德文化的需要对德国的大学进行改革的，他要求大学应以“最深刻和最宽泛意义”的知识为目标，应采用“为无其它目的，而以自身为目的而预备的精神和道德材料”（《论柏林大学生内在和外在组织》）。其中的“无目的”（nictht absichtlig）显然是排除外在要求的知识追求；而“以自身为目的”则强调知识本身的合目的性，即其培养人的精神和道德的功能。因此在洪堡特看来，“纯粹的知识理念”要求以“隔绝和自由”（Einsamkeit und Freiheit）为原则。另一方面，洪堡特认为精神效应在人类之中是一种综合的效应，不是此消彼涨，而是一个效应激起另一种效应，而最终达到一种“普遍的、源初性的，在个别那里呈现或发散出来的力量”。洪堡特对精神生活的复杂性的理解显然与蔡元培所接受的兰普来西对推动文明史演进的社会心理的复杂性的理解是一致的，后者就主张以因果关联代替个人的动机作为文明史的研究方法。由此看来，蔡元培在北京大学的教师遴选上不问政治态度，只重学问的做法是以其追求纯粹知识理念、排除知识之外的政治因素之理想的显现，而所谓“学术自由、兼容并包”只是蔡元培这一理想的表象而已。
兰普来西在与新兰克史学派争论的过程中，指出对于文明史而言，一个民族的社会心理是首要的因素，而受个人动机支配的政治则是第二位的。第一次世界大战结束的前夕，蔡元培也试图用精神因素来解释协约国的最终胜利。他分别以尼采的“强权主义”、托尔斯泰的“无抵抗主义”和克罗巴金（现译克鲁泡特金）的“互助主义”来解释德国、俄国和协约国的政治状况，以及大战双方的成败结局。在1913年10月到1916年11月留法期间，蔡元培接受了克鲁泡特金的互助论思想，与李石曾一起从事组织“世界社”和“互助社”等等具体的无政府主义活动。互助思想与蔡元培先期接受的泡尔生伦理观在设立人类历史的最终目的方面是一致的，它渐渐成为蔡元培用来看待文明史发展的方式。在《互助社征款启》（1915年）中，蔡元培曾说“自昔论生物进化者，分争存与互助二义，而今则以后义为优先。盖互助主义，非特符合历史之事实，尤惬当吾人之心理。”而第一次世界大战，协约国对德国的胜利，在蔡元培看来，恰恰为验证互助论之优胜提供了切实的历史事实。1918年11月15日，在庆祝协约国胜利的大会上，他断言这一胜利标志着“黑暗的强权论消灭，光明的互助论发展”，“可见生物进化，恃生物，不恃强权”。克鲁泡特金在其《动物与人类世界中的互助》一书的结论部分说，互助有利于人类形成发达的智力与社会道德的长远发展，与相互竞争的原则相比，前者更有利于人类的生存和发展，克氏甚至说“在上个世纪（18世纪）直至今天的伦理和哲学运动当中，对报仇和报复观念的放弃非常彻底。”
巴黎和会上中国的外交失败却使蔡元培主张的互助论学理归于失败。自第一次大战爆发以来，从袁世凯到黎元洪政府就一直争取以派遣劳工和提供物资的方式参与大战来换取列强对中国国际地位的承认，从而加入新的国际秩序，最终顺利地解决列强归还山东的问题。然而，段琪瑞内阁的强硬做法引起了“府院”之争，而由段派政客操纵的“督军团”以武力强迫国会支持参战的行为又引起了国内南北不同政治派别的不满。这使得中国政府在参战事宜上一波三折，最终于1917年8月才对德奥宣战。由中国参与的大战的最终胜利，特别是美国总统威尔逊的十四点和平宣言，使中国民众，特别是知识界人士对山东问题的解决抱有非常乐观的期望。但是，在巴黎和会上，日本凭借其在1917年11月与美国签订的《兰辛——石井协定》，与1915年与袁世凯政府签订的中日山东问题条约和与段琪瑞政府于1918年9月秘密签订的山东问题合同和换文，无视中国作为巴黎和会平等国的主权，提出享有德国在山东的一切利益。1919年5月1日，参加巴黎和会的中国代表在事先不明的情况下，获知美、英、法已决定将德国在山东的一切利益转让于日本的消息，于是以陆征祥为首的中国代表团随即发电请示政府办法。消息传来，北京大学学生预备在5月7日举行游行示威。蔡元培本来也对巴黎和会寄予了非常大的希望，他还参与了由汪大燮任会长的徐世昌政府国民外交委员会和“国际联盟同志会”，主张“凭借威尔逊的十四点宣言和公开外交原则”，作中国代表团的后援。不想汪大燮5月3日匆匆夜访蔡元培，告知钱能训内阁已密电中国代表在对德和约上签字。于是，蔡元培就在当晚将消息告诉了北京大学的学生，于是，5月4日便爆发了北京学生示威游行以及随后的“火烧赵家楼事件”。
其实，徐世昌政府在对德和约上签字与否的问题上也曾经权衡再三。巴黎和会的中国代表团在仔细研究了和约之后，认为涉及山东问题的条款较1915年和1918年的两个约章稍稍有利于中国，于是，他们再次电请北京政府示以办法，北京政府考虑到条款中已经出现日本完全交还山东主权的说法，如若不签字，恐在日后就解决山东问题与日本的交涉时失去国际上的支持，因此认为签字较为有利。这样，北京政府致电，要求中国代表团继续争取修改条款，如果不成则主签字。6月23日，也就是在曹、陆、章被罢免（6月14日）、钱能训内阁下台之后，徐世昌政府依然将上述意见电示中国代表团，嘱意他们“相机办理”（《中华民国外交史·上卷》，中华书局，1945，页278）。当然，徐世昌政府之所以主签字在很大程度上也受制于内阁中亲日的段系力量的左右。只是在后来，迫于国内外各派人士的反对，中国代表团才于6月28日拒绝在对德和约上签字。
在巴黎和会上，以美国为首的列强为谋取自身的利益逼迫中国代表团在有损于主权的和约上签字的做法，使国内知识界依靠国际力量实现中国国际认同的梦想归于破灭。这再次证明，强权的政治与公正的学理之间并无天然的一致性。而对此时笃信互助论的蔡元培来说，这意味着学理与政治的双重失败：学理不能拯救政治，政治俨然破坏了学理。我们看到，无论是泡尔生的伦理学还是兰普来西的文明史观，都以德意志民族为底色，前者主张人生目标首先在于达成一个民族的生命形态；后者的理论则以德意志民族的完善文化形态为范型，并以此来看待那些低级的文明形态，这种高低文化的划分掩盖了文明演进背后的权力因素。作为现实政治事件的“五四风潮”与作为民族思想革命标志的“五四运动”显然不是一途。
1919年5月9日清晨，蔡元培携家人悄悄离开了北京，在给北大学生留下的条子上，他写道，“我倦矣！‘杀君马者道旁儿’，‘民亦劳止，汔可小休’，我欲小休矣”，其中透露出他理想破灭之后多么深重的失望和疲惫情绪！